Khi TSA bắt đầu lắp đặt máy quét mmW, công chúng liền đặt câu hỏi về quyền riêng tư và độ an toàn. Về quyền riêng tư, người ta phản đối việc cho người khác nhìn vào bên dưới quần áo của họ để xem các đặc điểm riêng tư hoặc tiết lộ bằng chứng về các cuộc phẫu thuật cấy ghép.
Một hình ảnh được tạo ra vào lúc máy quét mmV ra đời (tháng 12/2009) cung cấp nhiều chi tiết hơn.
TSA bèn đưa ra một số biện pháp phòng ngừa, như là cài đặt phần mềm ATR trên nhiều máy. ATR hiển thị mọi vật thể dưới dạng một bản phác thảo chung, với những chỗ đáng ngờ được đánh dấu, nếu không thì nó sẽ hiển thị từ “OK” mà không có hình ảnh nào. Đối với máy quét không có ATR, nhân viên an ninh xem hình ảnh thu được sẽ ngồi ở một vị trí từ xa và liên lạc không dây với người vận hành máy.
Nhiều người cũng bày tỏ lo ngại về các rủi ro sức khỏe, như chúng khác gì so với thiết bị hình ảnh y tế và có làm tăng nguy cơ ung thư không? Tuy nhiên, các nghiên cứu cho thấy máy quét mmW ít gây hại cho sức khỏe. Bởi sóng do máy này tạo ra có bước sóng lớn hơn nhiều so với tia X và không ion hóa. Bức xạ ion hóa có đủ năng lượng để loại bỏ các electron khỏi nguyên tử, nhưng sóng vô tuyến, ánh sáng khả kiến và vi sóng thì không. Cho nên chúng không biến đổi cấu trúc của các phân tử sinh học như protein và axit nucleic.
Máy quét sóng mmW tại sân bay Los Angeles.
Vấn đề lớn với máy quét mmW là số lượng cảnh báo sai lớn. Những vật thể có kích thước nhỏ gần với bước sóng của nó, như nếp gấp trên quần áo, nút áo và thậm chí các giọt mồ hôi có thể khiến máy bị lầm lẫn và nó dễ coi đó là những vật đáng ngờ. Khi Đức thử nghiệm máy quét mmW, họ phát hiện tỷ lệ cảnh báo sai là 54%, nghĩa là mọi người đã đi qua máy lại phải khám xét toàn thân bằng tay để không tìm thấy vũ khí nào được giấu. Vì vậy Pháp và Đức đã dừng sử dụng loại máy này.
Bất luận thế nào, sóng milimet đã được hiểu rõ và khá phổ biến trong đời sống. Ngay cả lò vi sóng trong nhà bếp cũng chiếu lên đồ ăn một dạng năng lượng thuộc dải phổ điện từ hẹp này. Việc áp dụng nó trong an ninh sân bay chỉ là sự mở rộng tự nhiên và vô hại của công nghệ, nhất là khi xét đến loại thảm họa mà nó đang ngăn chặn. Tính đến tháng 11/2012, TSA đã lắp đặt hàng trăm máy quét mmW tại các sân bay trên khắp nước Mỹ, chúng cũng được sử dụng tại các sân bay và hệ thống vận chuyển công cộng ở một số nước như Canada, Hà Lan, Ý, Úc và Anh.